구마모토시는 구마모토현 중부에 있는 시이자 현청 소재지이다.
구마모토 현에서는 가장 큰 도시이자 인구는 72만 명 정도로 규슈 섬에서는 후쿠오카시, 기타큐슈시에 이어 3번째로 많은 인구가 분포하고 있다. 규슈 관광의 중추로서 구마모토성과 스이젠사 공원 등의 명소를 이용한 관광 시설의 정비를 행하고 있다.공업은 식료품·기계·섬유·목재 제품 등의 도시형 공업 중심이다.
2012년 4월 1일 일본의 20번째 정령지정도시로 승격되면서 주오구, 히가시구, 니시구, 미나미구, 기타구의 다섯 구가 설치되었다.