갈라파고스주는 에콰도르 도서 지역에 위치한 주로 주도는 산크리스토발 섬에 있는 푸에르토바케리소모레노이며 면적은 45,000km2, 인구는 25,124명, 인구 밀도는 0.56명/km2이다. 대륙에서 서쪽 해안으로 약 1,000km가량 떨어진 갈라파고스 제도에 위치하고 있다. 1973년 2월 18일에 신설되었으며 3개 지방 자치체를 관할한다.
이 지방은 적도 부근에 있는 작은 화산섬들의 군집인 갈라파고스 제도를 관리한다. 갈라파고스 제도는 찰스 다윈의으로 유명해진 유일한 생물다양성으로 수백년간 전 세계의 사람들을 사로잡았다.